Florian Ziemen studierte bei Hermann Michael und Jacques Delacôte in seiner Heimatstadt München, wo er zahlreiche Produktionen an der Bayerischen Theaterakademie leitete und als Chorassistent an der Bayerischen Staatsoper arbeitete, und anschließend an der Londoner Royal Academy of Music bei Colin Metters and George Hurst.
Sechs prägende Jahre führten ihn daraufhin ans Essener Aalto-Musiktheater unter Stefan Soltesz, zunächst als Solorepetitor, dann als Zweiter Kapellmeister. Er dirigierte dort bis heute über 100 Vorstellungen, darunter „Lucia di Lammermoor“, „A Midsummer Night’s Dream“, „Nabucco“, „Zauberflöte“, „Die lustige Witwe“, alle Tschaikowski-Ballette sowie das von ihm mitkonzipierte, für den Faust-Preis nominierte Strauss/Schnittke/Zimmermann-Ballett „Leonce und Lena“.
Neben den Essener Philharmonikern dirigierte er u.a. die Bochumer Symphoniker, die Bergischen Symphoniker, das Sinfonieorchester Wuppertal, die Neue Frankfurter Philharmonie, die Münchener Symphoniker, das Tallis Chamber Orchestra London und das Folkwang-Hochschulorchester und gastierte an den Theatern von Wuppertal und Coburg. Er interessiert sich sehr für historische Aufführungspraxis und entwirft nebenher gelegentlich Bühnenmusiken und andere experimentellere Musiktheaterformen, so 2009 den Mahler-Liederabend „Geen Krimp, Gustav!“ an der Oper Frankfurt . Ab Sommer 2010 wird er als Erster Koordinierter Kapellmeister am Theater Bremen arbeiten. Zusätzlich wird er in diesem Herbst bei den Grands Ballets Canadiens in Montreal gastieren.